eggNOG 5.0数据库介绍（eggnog怎么读音）

eggNOG 5.0数据库介绍（eggnog怎么读音）

目录

​​1. eggNOG简介​​​​2. eggNOG-Mapper注释原理​​​​3. eggNOG 5.0数据资源​​​​4. eggNOG-Mapper使用​​​​5. NOG、KOG、COG、KEGG、GO区别？​​

1. eggNOG简介

eggNOG数据库全称是：直系同源蛋白分组比对（evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups）数据库，由EMBL创建维护，是对NCBI的COG数据库进行拓展，提供不同分类水平蛋白的直系同源分组（Orthologous Groups，OG），包括真核、原核及病毒的数据信息。它扩展了COG数据库的分类方法，采用无监督聚类算法在全基因组范围内推导基因功能，更适用于谱系特征基因的分析。

2. eggNOG-Mapper注释原理

常规功能注释方法基于序列相似性寻找直系同源基因，常用​​blast+blast2go​​​或​​InterProscan​​​来注释，这种方法可能找到旁系同源基因，而eggNOG能区分旁系和直系同源基因，因此开发出​​eggNOG-mapper​​​来进行功能注释。​​eggNOG v5.0​​​对应的工具是​​eggNOG-mapper v2​​​。 注释的过程可分为图下四个过程：

3. eggNOG 5.0数据资源

其中e5.proteomes.faa为所有的蛋白组序列，e5.viruses.faa为所有的病毒蛋白序列，e5.taxid_info.tsv为Taxid对应的物种名称以及完整的谱系信息，e5.og_annotations.tsv为所有的NOG信息，其第一列为Taxid，第二列为NOG groups，第三列为COG归属，第四列为Function。

4. eggNOG-Mapper使用

在eggnog-mapper使用之前应该准备好：python、hmmer、diamond、fasta、注释数据库。

# 下载软件git clone 下载数据库cd eggnog-mapper ./download_eggnog_data.py euk #euk真核，bact原核，arch古菌，viruses病毒#注释python emapper.py -i test.fa --output ./ -d euk #默认以HMMER搜索python emapper.py -m diamond -i test.fa --output ./ -d euk #指定搜索数据库类型，可大类、小类python emapper.py -i test.fa --output ./ -d maNOG #哺乳动物NOGpython emapper.py -i test.fa --output ./ -d maNOG --usemem --cpu 10 #内存和线程

至于eggNOG注释的结果，包括了一些匹配和得分信息，以及GO，KEGG，BiGG，COG，KOG，NOG等功能注释结果。但不建议用它的GO和KEGG结果，因为这两个数据库是生信领域更新最快的，信息最全，eggNOG注释的结果可能会跟不上。可以采纳下它的COG、KOG、NOG的注释信息，因为COG/KOG几乎没有更新了，还停留在2003-2014年：​​NOG、KOG、COG、KEGG、GO区别？

KEGG（Encyclopedia of Genes and Genomes）和GO（Gene Ontology）耳熟能详就不解释了，至少是目前权威公认的两大数据库。

主要是NOG和KOG、COG有点懵。

相同点：三者都是同源分类数据库，即都是OG（Orthologous Groups）。

不同点：

COG：Clusters ofOrthologousGroups of proteins，即同源蛋白簇，是NCBI的一个数据库。根据生物完整基因组的编码蛋白系统进化关系分类构建而成，每一簇COG由直系同源序列构成，从而可以推测该序列的功能，按功能共可以分为二十六类。KOG：EuKaryoticOrthologousGroups（为什么不叫EOG？问号脸）。广义上COG分为真核和原核生物两类，原核的一般称为COG数据库，真核的一般称为KOG数据库。NOG：Non-supervisedOrthologousGroups，注意是非监督，因COG未及时更新，​​EMBL EggNOG​​对COG进行了完善，极大拓展了基因组信息，主要是基于HMM分析提供更细致的OG分析。

做了eggNOG，还有必要做COG/KOG吗？做不做都可以，主要看心情，看哪个更能解释你的生物学问题。一般来说，差别不会太大，COG虽然过时，但权威性还在呀。

Ref：​​​应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程​​​​时隔四年，NOG数据库更新啦！​​​​宏基因组功能注释（以COG为例）​​​​https://biostars.org/p/286615/​​

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