【Python小试】去除核酸特定长度的接头序列

【Python小试】去除核酸特定长度的接头序列

输入

input.txt

ATTCGATTATAAGCTCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCATTCGATTATAAGCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGTATTCGATTATAAGCATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTCATTCGATTATAAGCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTAATTCGATTATAAGCACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA

编码

file = open("input.txt")output = open("trimmed.txt","w")for dna in file:    trimmed_dna = dna[14:] #接头特定长度14    trimmed_length = len(trimmed_dna) - 1    output.write(trimmed_dna)    print("processed sequence with length" + str(trimmed_length))

输出

trimmed.txt

TCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGTATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTAACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA

作者：Bioinfarmer

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