【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列

【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列

已知

genomic_dna.txt

TCGATCGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATCGATATCGATCGATATCATCGATGCATCGATCATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCATATGTCAGTCGATGCATCGTAGCATCGTATAGTAGCTACGTAGCTACGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGATCGATCATCATCGTAGCTAGCTCGACTAGCTACGTACGATCGATGCATCGATCGTAGCTAGTACGATCGCGTAGCTAGCATGCTACGTAGATCGATCGATGCATGCTAGCTAGCTAGCTACGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTACGATCGATGCTACGTAGATCGATCGCTAGTAGATCGATCGCTAGCTAGCTGACTAGTACGCTGCTAGTAGTCAGCTAGATCGATGCTAGTCA

exons.txt

5,5872,133190,276340,398

编码

genomic_dna = open("genomic_dna.txt").read()exon_locations = open("exons.txt")output = open("coding_sequence.txt", "w")coding_sequence = ""for line in exon_locations:    positions = line.split(',')    start = int(positions[0])    stop = int(positions[1])    exon = genomic_dna[start:stop]    coding_sequence = coding_sequence + exonoutput.write(coding_sequence)output.close()

结果

coding_sequence.txt

CGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGCGATCGATCGATATCGATCGATATCATCGATGCATCGATCATCGATCGATCGATCGATCGACGATCGATCGATCGTAGCTAGCTAGCTAGATCGATCATCATCGTAGCTAGCTCGACTAGCTACGTACGATCGATGCATCGATCGTACGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGTAGCTAGCTACGATCG

作者：Bioinfarmer

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