【Python小试】将核酸序列翻译成氨基酸序列（碱基序列翻译成氨基酸）

【Python小试】将核酸序列翻译成氨基酸序列（碱基序列翻译成氨基酸）

三联密码表

gencode = {    'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',    'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',    'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',    'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',    'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',    'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',    'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',    'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',    'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',    'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',    'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',    'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',    'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',    'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',    'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_',    'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W'}

测试

dna = "ATGTTCGGTGATGCTACGTAACGT"def translate(dna):    amino_acid_sequence = ""    for start in range(0,len(dna) - 2, 3):        stop = start + 3        codon = dna[start:stop]        aa = gencode.get(codon.upper(),'X') #当指定键的值不存在时，返回X        amino_acid_sequence = amino_acid_sequence + aa    return(amino_acid_sequence)print(translate(dna))#用assert断言一个表达式，为 false时触发异常# input sequence is easyassert(translate_dna("ATGTTCGGT")) == "MFG"# input sequence has incomplete codons at the endassert(translate_dna("ATCGATCGAT")) == "IDR"# input sequence contains Nassert(translate_dna("ACGANCGAT")) == "TXD"

结果

MFGDAT_R

作者：Bioinfarmer

版权声明：本文内容由网络用户投稿，版权归原作者所有，本站不拥有其著作权，亦不承担相应法律责任。如果您发现本站中有涉嫌抄袭或描述失实的内容，请联系我们jiasou666@gmail.com 处理，核实后本网站将在24小时内删除侵权内容。